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生物安全柜的維護
保持生物安全柜表面清潔和無污染狀態，定期清潔臺面下部區域。以下情況需要熏蒸：檢查和維修之前;更換HEPA濾器前;移動生物安全柜之前;生物安全柜被嚴重地污染;變換使用目的;長時間未用;其它目的需要熏蒸時。
除最基本的生物安全柜工作前后的運轉凈化、及時消毒等維護，到定期檢查空氣的層流、流速、噪音、泄漏、紫外線強度、高效過濾膜的破損等，實驗室都應嚴格執行生物安全柜的維護檢驗程序。生物安全柜作為生物安全的關鍵防護設備，必須進行有效的消毒處理后，方可實施生物安全柜的檢修，以保證人員的個人安全。

生物安全柜的清潔消毒
生物安全柜內的所有物品，包括設備，都應在工作完成之后進行表面去污處理并從柜內取出，因為殘留的培養介質可能會提供微生物的生長條件。生物安全柜的內表面應在每次使用前與使用后進行去污處理。要用消毒劑擦拭工作臺表面及內壁面，使用的消毒劑應能殺死柜內可能存在的所有微生物。
一天工作結束時，應進行最后表面去污處理，即對工作臺、各個側面、背面及玻璃的里面進行全面擦拭。可以使用70%酒精這種對目標生物有效的消毒劑。
建議工作柜在清潔、消毒時處在工作狀態。如果其未處在工作狀態，則應運行5分鐘，以便在生物安全柜關閉前將其中的氣體清除掉。

生物安全柜的去污處理
對Ⅰ級和Ⅱ級生物安全柜的去污，是將適量的低聚甲醛(使柜內空氣中的低聚甲醛的最終濃度為80%)置于電熱盤或煎鍋上(從柜外控制)。另將一個放有比低聚甲醛多10%的碳酸氫的電熱盤或煎鍋也放在柜內(在柜外控制)。這第二個容器上應帶蓋，這個蓋子可以從遠處取下來(例如系在一根線上，線可以從柜外拉動)。這樣可以使提前中和的低聚甲醛達到最小。
如果相對溫度低于70%，有熱水的開口容器。如果沒有前隔板，則要用生型塑料擋板，將其用膠帶粘在前臉，確保不會有氣體漏入房間。當盤內的低聚甲醛已全部揮發或開關已打開1小時后，將開關關閉。將生物安全柜放置一整晚不得觸動。然后將第二個盤子的蓋移開并打開其開關，碳酸氫氨開始揮發。
這時，關閉盤子的開關，讓生物安全柜開始工作，使碳酸氫氨氣循環1小時。然后可以取下前隔板(或塑料擋板)，生物安全柜即可使用。